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ChIP-sequencing [N°6]

OBJECTIFS

 Chromatin ImmunoPrecipitation Sequencing est une méthode utilisée pour analyser les interactions entre les protéines et l’ADN.
Cette technologie combine l’immunoprécipitation de la chromatine (ChIP), en utilisant des anticorps spécifiques d’une protéine d’intérêt et le séquençage haut débit.
Donc l'objectif est d'acquérir les connaissances générales sur les méthodes de séquençage à haut-débit.
- Connaître les caractéristiques des données obtenues dans le cadre de l’analyse de la régulation des gènes (ChIP-seq).
- Savoir planifier une expérience simple de type ChIP-seq en fonction de ses objectifs scientifiques et des caractéristiques et contraintes expérimentales.
- Connaître les principales méthodes et outils d’analyse des données ChIP-seq.
- Pouvoir visualiser les résultats dans un navigateur de génome.

PROGRAMME
Jour 1 Matin
ChIP-seq ciblant un facteur de transcription
- Rappels sur la phase expérimentale
- Alignement des lectures
- Détection de pics
- Détermination de la séquence de fixation

Aspects statistiques
- Statistiques des données de séquençage
- Analyse différentielle
- Réplicabilité des résultats
- Planification expérimentale
Jour 1 Après Midi
Variantes du ChIP-seq
- Détection de pics larges : marques épigénétiques
- Détection de signal mixte : le cas de l'ARN polymérase II
- Mesure de l'accessibilité (FAIRE-seq, DNAseI-seq)
Jour 2 Matin
Intégration de données
- Mesurer l'intersection entre deux signaux génomiques
- Croisement régions liées/gènes
- Exploration des données par clustering

MODALITES

 Durée : 10 heurs réparti sur 2 jours
Horaires : 9H-12H30 ou 13H30-17H00
Date et Lieu 1 :12-13 Mai 2015 / Salle de formation Copie Max - sortie haut de l'université de Blida à coté de Popaye

TARIF

 Coût étudiant: 2.200 DA
Coût enseignant/chercheur : 3.100 DA

INSCRIPTION

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