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Galaxy tools [N°3]
OBJECTIFS
Le workflow Galaxy fournit un ensemble d’outils pour la manipulation et l’analyse de données génomiques. Il est très intuitif dans l’utilisation ce qui en fait un outil de choix pour le biologiste. En effet, Galaxy est une plate-forme qui propose une « constellation » d’outils pour analyser, manipuler et visualiser des données génomiques, sans avoir besoin de connaissance en programmation. Ainsi, l’utilisateur peut construire un enchainement de traitements (« pipeline ») de façon graphique en mode glisser-déposer.Cet environnement de travail est développé par The Center for Comparative Genomics and Bioinformatics de l’Université de Pennsylvanie. L’utilisateur peut réaliser quatre grands types d’opérations :
- - manipulation de fichiers : ajout ou suppression de colonnes, trier les fichiers, concaténer plusieurs fichiers, comparaison de listes, …
- - opérations sur les données : sommer, moyenner, soustraire, calculer la couverture d’une région déterminée, …
- - analyse de séquences : calculer des corrélations, utiliser des outils d’EMBOSS, aligner les données de séquençage, …
- - visualisation des données : afficher des alignements multiples, générer des graphiques, …
PROGRAMME
Partie 1
Partie 2
MODALITES
Durée : 5 heurs réparti sur 1 jourHoraires : 9H-14H00
Date et Lieu 1 : 5 ou 6 Mai 2015 / Salle de formation Copie Max - sortie haut de l'université de Blida à coté de Popaye
TARIF
Coût étudiant: 1.000 DACoût enseignant/chercheur : 1.500 DA